Coverage for biobb_analysis/test/unitests/test_ambertools/test_cpptraj_rms.py: 100%

1# type: ignore 

2from biobb_common.tools import test_fixtures as fx 

3from biobb_analysis.ambertools.cpptraj_rms import cpptraj_rms 

4 

5 

6class TestCpptrajRmsFirst(): 

7 def setup_class(self): 

8 fx.test_setup(self, 'cpptraj_rms_first') 

9 

10 def teardown_class(self): 

11 fx.test_teardown(self) 

12 pass 

13 

14 def test_rms_first(self): 

15 cpptraj_rms(properties=self.properties, **self.paths) 

16 assert fx.not_empty(self.paths['output_cpptraj_path']) 

17 assert fx.equal(self.paths['output_cpptraj_path'], self.paths['ref_output_cpptraj_path']) 

18 assert fx.not_empty(self.paths['output_traj_path']) 

19 assert fx.equal(self.paths['output_traj_path'], self.paths['ref_output_traj_path']) 

20 

21 

22class TestCpptrajRmsAverage(): 

23 def setup_class(self): 

24 fx.test_setup(self, 'cpptraj_rms_average') 

25 

26 def teardown_class(self): 

27 fx.test_teardown(self) 

28 pass 

29 

30 def test_rms_average(self): 

31 cpptraj_rms(properties=self.properties, **self.paths) 

32 assert fx.not_empty(self.paths['output_cpptraj_path']) 

33 assert fx.equal(self.paths['output_cpptraj_path'], self.paths['ref_output_cpptraj_path']) 

34 assert fx.not_empty(self.paths['output_traj_path']) 

35 assert fx.equal(self.paths['output_traj_path'], self.paths['ref_output_traj_path']) 

36 

37 

38class TestCpptrajRmsExperimental(): 

39 def setup_class(self): 

40 fx.test_setup(self, 'cpptraj_rms_experimental') 

41 

42 def teardown_class(self): 

43 fx.test_teardown(self) 

44 pass 

45 

46 def test_rms_experimental(self): 

47 cpptraj_rms(properties=self.properties, **self.paths) 

48 assert fx.not_empty(self.paths['output_cpptraj_path']) 

49 assert fx.equal(self.paths['output_cpptraj_path'], self.paths['ref_output_cpptraj_path']) 

50 assert fx.not_empty(self.paths['output_traj_path']) 

51 assert fx.equal(self.paths['output_traj_path'], self.paths['ref_output_traj_path'])